江苏省南通中等专业学校初创于上世纪六十年代。1995年，经市政府批准，在原江苏省南通职业**中学、南通工业管理干部学院、南通市纺织技校和南通市虹桥一中四所学校办学基础上合并，组建了当时**的、由地方政府主管的南通市中等专业学校。2010年5月，经省教育厅批准，学校更名为“江苏省南通中等专业学校”。