中国科学院沈阳自动化研究所成立于1958年11月。成立之初被称为辽宁电子技术研究所，1960年4月更名为中国科学院辽宁分院自动化研究所，1962年至1972年的名称为中国科学院东北工业自动化研究所，1972年起正式定名为中国科学院沈阳自动化研究所。