水利部小浪底水利枢纽管理中心的前身为成立于1991年9月的水利部小浪底水利枢纽建设管理局。为深化水利工程管理体制改革，2011年9月，经中央机构编制委员会办公室同意，水利部批准成立了水利部小浪底水利枢纽管理中心，为水利部直属正局级事业单位。