高新技术企业认定申报过程中会遇到哪些难点？首先是知识产权，目前申报高新对于知识产权要求很严格，想要成功申报高新必须提前做好准备，其次就是企业研发费用方面，要注意哪些问题呢？
一、研发费用占销售收入比例
       企业研究开发费用占比是企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比值。《管理办法》要求：最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；
       销售收入为主营业务收入与其他业务收入之和。主营业务收入与其他业务收入按照企业所得税纳税申报表的口径计算。
二、企业研究开发活动（研发项目）的确定
       研发活动的确定方法与此前类似，包括行业标准判断法、专家判断法和目标或结果判定法。其中，目标或结果判定方法是前两种方式的辅助方法。企业应按照研究开发活动的定义填写高新技术企业认定申请书中“企业研究开发活动情况表”。
三、研发费用的归集方法
       企业应正确归集研发费用，由具有资质并符合《工作指引》相关条件的中介机构进行专项审计或鉴证。
       企业的研究开发费用是以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计数的。以单个研发活动为基本单位则省去了运用费用分摊机制的麻烦。企业应对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写《高新技术企业认定申请书》中的“企业年度研究开发费用结构明细表”。
       企业应按照“企业年度研究开发费用结构明细表”设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表，并按要求进行核算。
四、研发费用的归集范围
       包括人员人工费用；直接投入费用；折旧费用及长期待摊费用；无形资产摊销费用；设计费用；装备调试费用与试验费用；委托外部研究开发费用和其他费用，并且其他费用由不得超过研究开发总费用的10％调整为20%，包括技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、论证、评审、鉴定、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，会议费、差旅费、通讯费等其他费用所占比例有所提高。
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